妙高户隐连山国立公园的火山和湿地孕育了许多不同种类的动植物。妙高山脉的山脊上覆盖着茂盛的松树，山麓则长满了羊胡子草、驴蹄草和水芭蕉。蒙古栎是整座公园的象征，除此之外，白桦树和日本山毛榉在公园的森林中也随处可见。这座公园还吸引了黄眉姬鹟、岩雷鸟、鹪鹩和白背啄木鸟等许多鸟类前来栖息。
植物
白山小樱
白山小樱（学名：Primula cuneifolia Ledeb. var. hakusanensis Makino）是一种多年生植物，生长在公园的融雪区及潮湿的草地上。初夏时，在尚有残雪的火打山、高谷池、天狗之庭和黑泽池都可以看见白山小樱的身影。其花期为 7 月至 8 月，期间会开出鲜艳的粉红色花朵。
白山小樱
偃松
偃松（学名：Pinus pumila）是一种常绿针叶灌木，生长在妙高山脉的山顶与山脊一带。由于强风与恶劣的环境，这些松树的高度通常在 1 至 3 米之间。
偃松
动物
岩雷鸟
岩雷鸟（学名：Lagopus mutus japonicus）栖息于海拔 2,000 米以上的高山地带。它们是冰河时代的幸存者，因而被指定为特别天然纪念物。在日本所有的岩雷鸟栖息地中，火打山处于最北端，约有 20 至 30 只岩雷鸟栖息在公园内。
岩雷鸟
白腹蓝鹟
白腹蓝鹟（学名：Cyanoptila cyanomelana）是一种迁徙鸣禽，会在每年春末至秋初现身于日本。雄鸟体色为铁青色，腹部呈白色；雌鸟体色则为灰棕色。白腹蓝鹟通常栖息于妙高户隐连山国立公园的山区和森林河岸。
白腹蓝鹟