야쿠섬은 아열대부터 냉온대까지 기후가 다양합니다. 이 때문에 해안선 근처의 아열대 나무, 더 높은 해발 고도에서 우세한 밤나무와 월계수 라는 희귀한 초목 조합을 볼 수 있습니다. 1,000년이 넘은 삼나무는 이 지역에서만 볼 수 있는 명물입니다.
공원의 숲에는 다양한 야쿠 시카(시카 사슴의 아종), 야쿠시마 자루(일본원숭이의 아종)와 같은 토착 동물이 서식합니다. 또한 야쿠섬은 붉은바다거북이 둥지를 짓는 매우 소중한 보금자리입니다.
구치노에라부섬에는 에라부큰박쥐, 푸른바다뱀 같은 많은 희귀 생물이 서식합니다.
야쿠시마용담(Gentiana yakushimensis)은 다년생 식물이며 야쿠섬의 토착종입니다. 높은 고도의 암석투성이 비탈면에서 서식하며 8월 ~ 9월이 되면 푸른빛을 띠는 보라색 꽃을 피웁니다.
야쿠섬에 있는 야쿠스기는 거대하고 오래된 삼나무입니다. 수령은 대략 2,000년 ~ 7,500년으로 추정됩니다. 가장 큰 삼나무는 조몬스기라는 이름으로 불립니다. 야쿠스기는 태풍과 강풍에 오랜 시간 노출되며 그 특유의 형태가 생겼습니다. 1,000m ~ 1,300m 고도에 있는 삼림인 ‘야쿠스기 랜드’에서는 많은 야쿠스기를 볼 수 있습니다.
붉은바다거북(Caretta caretta)은 전 세계에서 볼 수 있습니다. 이 거북은 강력한 턱을 가지고 있으며 주로 해파리를 잡아먹습니다. 5월 ~ 7월이 되면 나가타 해변에 산란하는데, 북태평양 지역에서는 이곳이 붉은바다거북들의 주요 산란지입니다.
에라부큰박쥐(P. d. dasymallus)는 과일 박쥐입니다. 날개 폭이 약 80cm이며 주로 과일과 꽃을 먹습니다. 구치노에라부섬과 도카라섬에서만 볼 수 있습니다.
