운젠 아마쿠사 국립공원에는 매년 잎이 지는 활엽수림과 상록수림이 섞여 있습니다. 일본 물억새와 소나무는 증기가 자욱한 운젠 지고쿠 근처에서 자라며, 겐세이 습지의 물이끼 습지에는 일본 붓꽃들이 군데군데 자랍니다. 운젠산은 5월이 되면 강렬한 분홍색의 규슈 철쭉으로 뒤덮이며 6월에는 층층나무가 꽃을 피웁니다.
큰유리새, 황금새, 작은뻐꾸기 등 다양한 철새가 공원에 모여듭니다. 파랑점자돔, 금줄촉수와 같은 아열대 어종들을 해안에서 떨어진 산호초에서 자주 볼 수 있습니다.