시코쓰토야 국립공원의 오염되지 않은 호수와 광활한 숲에는 다양한 식물과 야생 동물이 서식합니다.
공원에는 에조 가문비 나무, 사할린 전나무, 신갈나무, 일본 느릅나무와 같은 여러 종류의 침엽수와 활엽수가 서식합니다. 해발 고도가 높은 곳에서는 눈잣나무와 래브라도차(茶), 가솔송 등의 고산 식물을 볼 수 있습니다.
갈색 고산 토끼, 북방청서, 꽃사슴과 같은 동물들에게 매우 중요한 서식지이기도 합니다. 일본 소쩍새, 까막딱따구리 및 다른 새들이 이 숲에 서식하며, 흰뺨검둥오리와 댕기흰죽지는 투명한 호수에 자주 나타납니다.
래브라도차(─ 茶, Ledum palustre subsp. Diversipilosum var. nipponicum)는 진달래과와 연관이 있습니다. 이 상록수 관목은 고산 및 아고산 지대에서 자라며, 시코쓰토야 국립공원에 있는 다루마에산의 화산 비탈에 서식합니다. 6월 ~ 7월이 되면 작고 하얀 꽃무리가 만개합니다.
에조 가문비 나무, 사할린 전나무, 신갈나무, 일본 느릅나무 숲이 시코쓰 호수를 따라 늘어서 있습니다. 비후에 지역은 ‘거대한 나무의 숲’이라고 불리는데, 일본 느릅나무, 유다나무, 연밥피나무, 음나무(Kalopanax septemlobus)와 같이 우뚝 솟은 활엽수로 이루어진 숲 때문입니다.
청설모의 아종인 북방청서(Sciurus vulgaris orientis)는 홋카이도의 저지대와 아고산 지역의 다람쥐 중 가장 일반적인 종입니다. 겨울잠이 없어 1년 내내 활동합니다. 계절에 따라 털색이 바뀌는데, 여름에는 붉은빛이 도는 갈색이고 겨울에는 턱 아래와 배가 흰색인 회색이나 밝은 갈색으로 변합니다. 북방청서는 요테이산과 시코쓰 호수 근처에서 가장 자주 나타납니다.
북방여우(Vulpes vulpes schrencki)는 시코쓰토야 국립공원 전 지역에서 볼 수 있는 붉은여우의 아종입니다. 귀와 다리 끝부분은 검은색이고 혼슈의 붉은여우보다 더 큽니다. 야행성이며 주로 쥐, 새, 곤충을 잡아먹고, 가끔 과일이나 견과류를 먹기도 합니다.
까막딱따구리(Dryocopus martius martius)는 몸 길이가 45cm넘게 자라는 일본에서 가장 큰 딱따구리입니다. 흰색 부리와 멋진 붉은 볏을 자랑하며 나무 기둥의 옆에 붙어 수직으로 쉬는 모습을 종종 볼 수 있습니다. 홋카이도에서 까막딱따구리는 종종 사스래나무, 자작나무 또는 사할린 전나무에 둥지를 짓습니다. 부리로 찍는 힘이 아주 강해서 나무 줄기를 깊숙이 파낼 수 있습니다. 곳곳이 패인 나무들을 시코쓰코 온천 주위에서 볼 수 있습니다.
