닛코 국립공원의 나스 및 시오바라 구역에서 고도가 높은 곳으로 가면, 매년 잎이 지는 활엽수인 일본너도밤나무와 떡갈나무 숲 풍경이 침엽수인 전나무와 측백나무 숲으로 바뀝니다. 다양한 물고기와 양서류는 물론 일본산양, 꽃사슴, 반달가슴곰 등의 대형 포유류도 이곳에 서식합니다.
닛코 기누가와 지역에서 해발 고도 1,600m가 넘는 곳에서는 침엽수림과 사스래나무를 볼 수 있습니다. 해발 고도 2,400m보다 높은 융기선과 정상에는 관목 같은 고산 지대 초목이 있어 탁 트인 경치를 즐길 수 있습니다. 황새풀은 기누누마, 센조가하라와 같은 습지를 뒤덮고 있습니다. 이 지역에는 일본원숭이들이 다수 서식합니다.
글라우키디움(Glaucidium palmatum)은 일본어로 시라네 아오이라고 부르며, 여기서 ‘시라네’는 한때 대규모 꽃 군락이 서식하던 닛코 시라네산의 토착종에서 따온 것입니다. 사슴들에 뜯어먹히거나 불법 굴토 행위로 인해 군락 규모가 크게 감소했지만, 글라우키디움은 현재 보존 계획에 따라 보호받고 있습니다.
일본원숭이(Macaca fuscata)는 산악지대를 제외한 닛코 지역 전체에서 볼 수 있습니다. 닛코시는 일본 최초로 이들 원숭이에게 먹이주기를 금지하는 법령을 제정하고, 관광객의 가방을 훔치는 습성에 관해 홍보함으로써 각종 사건사고를 크게 감소시켰습니다.
수컷 꽃사슴(Cervus nippon)은 거대한 뿔이 있습니다. 그러나 개체수가 급증하면서 숲과 초목에 심각한 손상을 야기하는 주요 원인이 되고 있습니다. 오쿠 닛코에서 자주 볼 수 있습니다.
일본어로 ‘쓰키노와구마’라고 하는 반달가슴곰(Ursus Thibetanus japonicus)은 가슴에 있는 흰색 반달 무늬로 식별할 수 있습니다. 공원의 숲에서 발견되며 일본 열도의 본섬 혼슈에서 볼 수 있는 가장 큰 포유류입니다.
