후지하코네이즈 국립공원의 산, 숲, 섬에는 다양한 동식물이 서식합니다. 일례로 하코네 지역에는 매년 잎이 지는 활엽수와 초원이 있습니다. 흰인가목, 콩벚나무와 같이 이 지역에서만 볼 수 있는 많은 식물종이 이곳에 서식합니다. 이즈 지역에는 광활한 너무밤나무 숲, 그리고 진달래(Rhododendron degronianum var. amagianum)와 같은 꽃들이 있습니다.

또한 공원에는 개똥지빠귀, 솔새 등 많은 토착 조류가 서식합니다. 주변 바다는 남방돌고래를 포함한 여러 바다생물의 주요 서식지입니다.

후지엉겅퀴

후지엉겅퀴(Cirsium purpuratum)는 후지산 주변에 서식하며 일본에서 가장 큰 엉겅퀴입니다. 8월 ~ 10월이 되면 보랏빛이 도는 붉은 꽃이 핍니다. 현지인들은 종종 후지엉겅퀴 뿌리를 미소 된장에 절여 먹습니다.

찔레꽃

찔레꽃(Rosa hirtula)은 일본 원산인 장미의 한 종류입니다. 일본어로 ‘산쇼바라’라고 하는데, 산초 장미라는 뜻입니다. 잎이 산초의 잎과 굉장히 많이 닮았기 때문입니다. 5월 ~ 7월이 되면 연한 분홍색 꽃이 핍니다.

하코네산도롱뇽

하코네산도롱뇽(Onychodactylus japonicus)은 일본 토착종이며 온대림과 강에서 발견됩니다. 다른 종류의 도롱뇽과 달리 꼬리가 몸에 비해 매우 깁니다. 너무 덥거나 추우면 겨울잠을 잡니다.

남방큰돌고래

남방큰돌고래(Tursiops aduncus)는 인도, 동아시아, 호주의 연안 해역에 서식합니다. 일반 큰돌고래와 많이 비슷하지만 더 작은 경향이 있고, 종종 배에 검은색 무늬가 있습니다. 약 100마리의 남방큰돌고래가 미쿠라섬 주변의 바다에 서식합니다.