이곳 공원의 생태계는 화산 가스가 나오는 황무지, 산기슭을 뒤덮은 숲, 그리고 초원 등 크게 세 가지로 나뉩니다. 특히 공원 내 초원은 유지를 위해 관리 감독 하에 산 태우기와 잔디제거를 진행합니다. 화산 주변에서는 미야마키리시마와 월귤나무와 같은 식물이 무리 지어 자랍니다. 절굿대, 노랑제비꽃 등 많은 멸종 위기 식물들이 이곳 초원에서 자랍니다.
큰홍띠점박이푸른부전나비(Shijimiaeoides divinus)를 포함한 멸종 위기 나비, 그리고 규슈에조매미, 풍뎅이 같은 곤충은 공원의 숲과 초원에 서식합니다. 멧새, 꼬까참새, 쇠검은머리쑥새, 쇠개개비 같은 조류들도 이곳에 서식합니다.
철쭉과인 미야마키리시마는 규슈의 민둥산 같은 화산 산비탈에서 자랍니다. 5월 ~ 6월에 꽃이 만개하면 산은 온통 분홍색으로 뒤덮입니다.
이 희귀 식물은 빙하시대에 아시아 대륙으로부터 유입된 것입니다. 구 모양의 푸른 꽃이 8월 ~ 9월에 피며, 잎은 엉겅퀴를 닮았고 가시가 있습니다. 초원에 서식하기 때문에 초원이 사라지면서 멸종될 위험이 있습니다.
아소구지 국립공원의 특징적인 생물 중 하나는 큰홍띠점박이푸른부전나비(Shijimiaeoides divinus)로서, 풀을 먹는 희귀한 나비입니다.
이름에 ‘붉은색’을 뜻하는 글자가 있지만, 이 소들은 사실 갈색에 가깝습니다. 주로 농사일에 쓰이고, 아소 지역에서는 수 세기 동안 농가에서 사육해온 품종입니다. 적모화우 소들이 초원에서 풀을 뜯는 모습은 목가적인 풍경을 연출합니다.
