아칸 국립공원에는 생태계의 근간이 되는 광활한 숲, 호수와 산이 있어 다양한 동식물에게 서식지를 제공합니다.
메아칸산과 오아칸산 산자락의 숲에는 침엽수와 활엽수가 혼재되어 있습니다. 사할린 전나무, 제조 가문비 나무, 사스래나무, 계수나무 등이 이곳에 서식하며 사할린 가문비나무 구역도 있습니다. 래브라도차(茶)는 유황을 많이 함유한 이오산(아토사누푸리) 근처에서 다량 서식하고 희귀한 마리모 조류 뭉치는 아칸 호수에 서식합니다.
이 공원에는 꽃사슴, 갈색 곰, 붉은여우, 담비, 다수의 새가 서식합니다. 상모솔새, 까막딱따구리, 오색딱따구리와 같은 새들은 침엽수림에, 큰왜가리 및 다양한 종의 오리들은 호수와 저수지에 각각 서식합니다. 겨울이 되면 고니 등의 철새를 굿샤로호에서 볼 수 있고, 흰꼬리수리는 공원 내 호수와 연못에서 볼 수 있습니다.
마리모는 담수성 녹색 조류의 일종으로 홋카이도와 혼슈에 있는 여러 호수에서 볼 수 있습니다. 아칸 호수에 서식하는 마리모는 아름다운 구(球) 형상이 특징으로, 국가 특별 천연기념물로 지정되어 있습니다. 아칸 호수 주변에 있는 마리모는 특별한 생태 환경에서만 형성되는데, 균형 잡힌 햇빛, 깨끗한 물, 바람, 물살 등에 좌우됩니다. 가장 큰 크기의 마리모는 최대 지름이 30cm까지 성장하는 것으로 보고된 바 있습니다.
래브라도차(─ 茶, Ledum palustre subsp var. nipponicum)는 척박한 환경에서 자라는 진달래 종류입니다. 홋카이도, 그리고 혼슈의 아고산 및 고산 지역에서 발견됩니다. 보통 암석이 많은 비탈과 습지를 따라 자라며, 다른 식물은 자랄 수 없는 화산 가스가 있는 지역에서 잘 자랍니다. 6월 ~ 7월이 되면 이오산의 분기공(화산 주변에 있으며 유황을 포함한 가스는 내뿜는 통풍구)의 영향으로 꽃이 만개합니다.
메아칸 긴바이(Potentilla miyabei Makino)는 희귀 고산 식물로 메아칸산에서 태양을 향해 있는 비탈에서 자라며 8월에 꽃을 피웁니다. 홋카이도 토착종이며 메아칸산에서 최초 발견되었지만 아칸, 시레토코의 다른 고산 지역과 다세쓰잔 산맥에서 번성합니다. 긴바이는 일본어로 ‘금색 자두’라는 뜻인데 매화꽃을 닮은 노란꽃 때문에 붙은 이름입니다. 메아칸 긴바이는 멸종 위기종의 하나입니다.
붉은여우는 아칸 국립공원의 여러 구역에 서식하며 홋카이도의 다른 지역과 북반구 전역에서 발견됩니다. 홋카이도의 붉은여우는 일반적으로 일본 열도의 본섬인 혼슈에 서식하는 여우들보다 몸집이 큽니다.
아칸 국립공원의 삼림 지대는 꽃사슴의 주요 서식지입니다. 홋카이도 꽃사슴은 일본에 서식하는 사슴들 중 가장 덩치가 큰 축에 속합니다. 가을철 숫사슴은 체중이 200kg 이상 나가기도 하며, 뿔 길이는 90cm 이상에 육박합니다. 홋카이도에 살고 있는 토착민 아이누족은 수 세기 동안 꽃사슴을 주요 식량으로 삼았습니다.
