Mit seinen insgesamt an die 100 Flughäfen ist Japan aus fast allen Ländern sehr gut über den Luftweg erreichbar. Neben den großen und bekannten internationalen Drehkreuzen Tokyo-Narita, Tokyo-Haneda, Osaka-Itami und Kansai sind auch abgelegene Regionen und die vielen japanischen Inseln einfach mit dem Flugzeug erreichbar. Da Japan nicht viel ebenes Land zur Verfügung hat wurden die Flughäfen teilweise auf Plattformen sowie kleinen Inseln im Meer erreichtet.

Die Flughäfen in Japan sind in Kategorien unterteilt. So zählen zu den Flughäfen erster Klasse alle Ziele, die internationale Drehkreuze sind und von denen aus Flugzeuge in alle Welt starten. Hier beginnt für die meisten die Japanreise. Flughäfen der zweiten Klasse ermöglichen Inlandsflüge sowie einige internationale Verbindungen, meist nach Südkorea, China und Taiwan. Hauptsächlich nationale Verbindungen starten von den kleineren Flughäfen der dritten Kategorie.

Nachfolgend eine Übersicht der internationalen Flughäfen, die Japan Flughafen Klasse I:

Zu den Flughäfen der zweiten Klasse zählen beispielsweise die Inlands-Flughäfen Fukuota, Hiroshima, Hakodate sowie die Japan Flughafen Kumamoto und Matsuyama.

Von Deutschland aus sind vor allem die Strecken Japan Frankfurt, Japan Berlin und Japan München gefragt und häufig frequentiert. Damit startet die Japan Rundreise meistens am Flughafen Tokyo oder am internationalen Flughafen in Osaka. Für Weiterflüge innerhalb Japans gibt es oftmals spezielle Tickets und Pässe für Inlandsflüge. Somit können je nach Angebot mehrere Flug-Abschnitte bzw. Direktflüge günstiger erworben werden. Meistens müssen diese speziellen Tickets jedoch bereits vor dem Abflug aus Deutschland gebucht werden, da diese fast ausschließlich für Japanreisende sind, welche mit einem internationalen Flugticket und einem Touristenvisum ein- und ausreisen. Solche Inlandsflüge lohnen sich bei längeren Distanzen wie beispielsweise von Hokkaidō bis zu den südlichsten Inseln Okinawas, welche teilweise ausschließlich mit dem Flugzeug zu erreichen sind.

Grundsätzlich sind alle Flughäfen an ein enges Netz von öffentlichen Verkehrsmitteln geknüpft, die es einfach machen, vom jeweiligen Japan Flughafen aus schnell und bequem ins Zentrum der Metropolen zu gelangen. Die Flughäfen in den wichtigsten Städten Japans ermöglichen gute Verbindungen mit Schnellzügen, Buslinien, Taxi- und Mietwagen um an das gewünschte Ziel zu gelangen:

Grundsätzlich sind alle Flughäfen an ein enges Netz von öffentlichen Verkehrsmitteln geknüpft, die es einfach machen, vom jeweiligen Japan Flughafen aus schnell und bequem ins Zentrum der Metropolen zu gelangen. Die Flughäfen in den wichtigsten Städten Japans ermöglichen gute Verbindungen mit Schnellzügen, Buslinien, Taxi- und Mietwagen um an das gewünschte Ziel zu gelangen:

Die zentrale Lage des Flughafens Fukuoka ermöglicht es mit öffentlichen Verkehrsmitteln innerhalb weniger Minuten nach Hakata, dem Herzen der Stadt, zukommen. Mit der U-Bahn Linie Kuko ist man in fünf bzw. elf Minuten im Zentrum der Stadtviertel Hakata bzw. Tenjin. Die Buslinien vom Flughafen Fukuoka bringen Reisende nicht nur ins Stadtzentrum, sondern auch in die nähere und weitere Umgebung. Beispielsweise fährt der Autobus zum Tempelkomplex von Dazaifu, in die benachbarte Präfektur zum Thermalquellenhafen Oita und weiter in die Präfekturen Saga, Nagasaki und Kumamoto. In einer größeren Gruppe und mit Kindern ist auch eine kurze Fahrt mit dem Taxi nach Fukuoka eine Option, die Japanreise zu beginnen.

Der Internationale Flughafen Kansai (KIX) bedient den westlichen Teil Japans mit der Stadt Kyoto als Tourismusmagnet, dem geschäftigen Wirtschaftszentrum Osaka sowie die umliegenden Präfekturen Nara und Wakayama. Mit dem Hochgeschwindigkeitszug Shinkansen ist der internationale Flughafen in etwa 50 Minuten von Shin-Osaka und circa 75 Minuten vom Banhof Kyoto entfernt. Mit dem JR Limited Express oder den Rapid Trains benötigen Reisende vom Zentrum Osakas eine gute Stunde zum Flughafen. Für Reisende in die Region Kansai und weiter gibt es ein gut ausgebautes Busnetz – diese Linien fahren sogar bis auf die japanische Insel Shikoku. Für Ziele, die mit Bus und Bahn weniger gut erreichbar sind, stehen am Flughafen Kansai natürlich auch jede Menge Taxis zur Verfügung.

Die Anbindung des Flughafen Neu-Chitose auf der Hauptinsel Hokkaido ist sehr gut in die verschiedenen Regionen rund um den Japan Flughafen ausgebaut. Die Züge der JR Line bringen Japanreisende in die Großstädte Sapporo, Asahikawa, Hakodate, Obihiro oder Kushiro. Die umliegenden Skigebiete wie Niseko und Yubari oder Rusutsu sind am besten per Bus erreichbar, die direkt vom Flughafen Neu-Chitose starten. Weitere Reisemöglichkeiten und Flexibilität bieten Mietwagen und Taxis.